『NES Classic Edition』と『Super NES Classic Edition』のコントローラーは互換性があると、海外メディアSlashGearが報じています。
上記機種は、NESのミニ版とSNESのミニ版で完全に別のハードです。
しかしながら、どちらもコントローラーには互換性があります。
「NES Classic Edition」のコントローラーで「Super NES Classic Edition」を遊ぶことはもちろん、その逆も可能です。
NESコントローラには、SNESのゲームを遊ぶのに必要なボタンがないので、進行するのに不具合が生じるでしょう。
ただプレイすること自体は可能なようなので、ソフトによってはクリアすることも不可能ではないかもしれません。
NES Classic EditionでSNESコントローラを使用する分には問題なく遊べます。
（メニューなども含めて動作確認はしたそうですが、全てのゲームで完全には動作確認されてません。）
NES ClassicとSuper NES Classicのコントローラーポートは『Wiiリモコン』の底面にあるものと同じなので、どちらにも互換性があるようです。
●日本版では不可
なお、日本のミニ・ファミコンのコントローラーは取り外しできないので、上記のように互換性はありません。